根据中共中央、国务院批准的北京市人民政府机构改革方案和《北京市人民政府关于机构设置的通知》(京政发〔2009〕2号)，设立北京市水务局(简称市水务局)。市水务局是负责该市水行政管理工作的市政府组成部门。加强统筹该市城乡水资源的节约、保护和合理配置，促进水资源的可持续利用;加强应急水源地管理、再生水利用、污水处理和水资源循环利用等工作，保障供水安全。市水务局设15个内设机构，机关行政编制90名。

　　2018年11月，将北京市水务局、市园林绿化局的资源调查和确权登记管理职责划归新组建的北京市规划和自然资源委员会。[1]将北京市南北水调工程建设委员会及其办公室并入市水务局。

北京市水务局法定职责:

　　一、贯彻落实国家关于水务工作方面的法律、法规、规章和政策，起草本市相关地方性法规草案、政府规章草案，并组织实施;拟订水务中长期发展规划和年度计划，并组织实施。

　　二、负责统一管理本市水资源(包括地表水、地下水、再生水、外调水);会同有关部门拟订水资源中长期和年度供求计划，并监督实施;组织实施水资源论证制度和取水许可制度，发布水资源公报;指导饮用水水源保护和农民安全饮水工作;负责水文管理工作。

　　三、负责本市供水、排水行业的监督管理;组织实施排水许可制度;拟订供水、排水行业的技术标准、管理规范，并监督实施。

　　四、负责本市节约用水工作;拟订节约用水政策，编制节约用水规划，制定有关标准，并监督实施;指导和推动节水型社会建设工作。

　　五、负责本市河道、水库、湖泊、堤防的管理与保护工作;组织水务工程的建设与运行管理;负责应急水源地管理。

　　六、负责本市水土保持工作;指导、协调农村水务基本建设和管理。

　　七、承担北京市人民政府防汛抗旱指挥部(北京市防汛抗旱应急指挥部)的具体工作，组织、监督、协调、指导全市防汛抗旱工作。

　　八、负责本市水政监察和行政执法工作;依法负责水务方面的行政许可工作;协调部门、区县之间的水事纠纷。

　　九、承担本市水务突发事件的应急管理工作;监督、指导水务行业安全生产工作，并承担相应的责任。

　　十、负责本市水务科技、信息化工作;组织重大水务科技项目的研发，指导科技成果的推广应用。

　　十一、参与水务资金的使用管理;配合有关部门提出有关水务方面的经济调节政策、措施;参与水价管理和改革的有关工作。

　　十二、承办市政府交办的其他事项。