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东海环境监测中心是隶属于国家海洋局东海分局的具有独立法人资格的全民事业单位，也是国家海洋局东海分局对东海区实施海洋综合管理的技术保障单位，以及东海区海洋环境监视监测与评价工作的技术支撑单位，主要从事东海区海洋环境监视监测与评价、海洋环境调查与研究、海洋水文气象观测、海洋工程环评现状调查与评价、海洋倾倒区选划、海域使用论证、样品理化性质测试等工作。
东海环境监测中心作为首批通过国家级海洋行业实验室计量认证和实验室资质认定的单位之一，具有中国国家认证认可监督管理委员会颁发的《资质认定计量认证证书》和国家海洋局颁发的《海域使用论证资质证书》。中心具有水文气象、海洋化学和海洋生物生态等专业的功能实验室，设有可供国际实验室间互校和比对的1000级洁净室，具有一批先进的海洋调查监测设备和精良的实验室分析仪器，并可方便调用千吨级中国海监调查船、中国海监飞机和大型浮标等平台。