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柑桔研究所（西南大学柑桔研究所）是由中国农业科学院与西南大学共建，直属于中国农业科学院的我国唯一的国家级柑桔专业科研机构，下设综合管理办公室、科研开发管理办公室、国有资产与财务管理科、国际交流与人才培养科、网络信息中心、离退休科、后勤保障中心、保卫科等职能机构，以及资源育种研究室、栽培研究室、植物保护研究室、贮藏加工研究室、南方果树信息资源研究室等研究机构。
柑桔研究所位于重庆市北碚区国家级风景名胜区缙云山麓，风景秀丽的嘉陵江畔，主要以开展柑桔科技创新，促进优势产业发展为重点，科研工作包括种质资源收集、评价与保护，新品种创新与推广；现代栽培技术研究与推广，柑桔病虫害防治研究与监测，柑桔加工及储藏工程研究，柑桔及苗木产品质量委托检验，相关标准拟定与检测技术方法制定，科技咨询与专业培训、《中国南方果树》和《中国果业信息》出版等。