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中国动物卫生中心是隶属于国家农业部的一家主要承担重大动物疫病流行病学调查、诊断、监测，动物和动物产品兽医卫生评估，动物卫生法规标准和重大外来动物疫病防控技术研究等工作的国家级动物卫生机构，也是国家实施兽医行业管理的技术支撑单位，以及农业部动物及动物产品卫生质量监督检验测试中心、全国动物防疫标准化技术委员会秘书处、全国动物卫生风险评估专家委员会秘书处、全国动物防疫专家委员会流行病学分委会秘书处等机构的挂靠单位。
中国动物卫生中心现设有18个内设机构，在动物疫病防控策略研究、重大动物疫病和重要人畜共患病流行病学调查监测、重要外来动物疫病防御技术储备、动物疫病区域化建设、动物检疫标准体系建设、兽医法律法规研究、动物产品质量安全检验检测、兽医科技成果转化、兽医国际交流合作及服务地方养殖业经济发展等方面做了大量探索性工作，为国家动物疫病防控策略制定和实施提供大量政策建议。