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西藏社科院是西藏自治区哲学社会科学、经济社会发展、藏学研究的专门学术机构和研究咨询中心，下设马克思主义理论研究所、民族研究所、宗教研究所、农村经济研究所、当代西藏研究所、经济战略研究所等效个机构科研所；西藏藏文古籍出牌社、《西藏研究》编辑部、文献信息管理处（图书馆）3个科研辅助部门。
西藏社科院设有“西藏藏学研究中心、西藏经济社会发展研究中心、西藏《格萨尔》研究中心；自治区藏文古籍工作领导小组办公室、《格萨尔》抢救办公室、贝叶经抢救领导小组办公室、六省区市藏文古籍工作协作领导小组办公室也均设在西藏社会科学院。