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中国水科院隶属中华人民共和国水利部，是从事水利水电科学研究的公益性研究机构。院本部由位于北京海淀区的南、北两座院落，以及大兴试验基地和延庆试验基地组成。京外有位于呼和浩特市的牧区水利科学研究所和天津市的水利电力机电研究所。
中国水科院作为中国最早建立的面向全国的水利水电综合科研机构，是于1958年由中国科学院水工研究室，水利部北京水利科学研究院和电力工业部水电科学研究院三单位合并而成，现已建设成为学科门类齐全、人才优势明显的国家级综合性水利水电科学研究和技术开发的中心。
该院现有在职职工1420人，其中院本部1179人，牧区水利科学研究所138人，天津水利电力机电所108人；共有研究生导师190人，其中博士生导师70人，硕士生导师120人；在读研究生242人，其中博士139人、硕士103人，在站博士后65人，“西部之光”访问学者4人及新疆“特培”学员1人。
该院是国务院学位办首批授予的“水利工程”一级学科培养单位，目前设有2个一级学科博士后流动站和8个博士和硕士学位授予专业，分别为岩土工程、水文学及水资源、水力学及河流动力学、水工结构工程、水利水电工程、水环境学、水信息学、水灾害与水安全等。