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中医药信息研究所是直属于中国中医科学院的国内唯一从事中医药信息研究与教学的部属研究院所，也是国家教育部中医药图书、情报硕士研究生培养点，世界卫生组织（WHO）传统医学临床与情报合作中心单位之一，全国中医药图书情报工作委员会主任单位，国家中医药管理局中国中医药文献检索中心，国家科技部科学数据共享平台—医药卫生科学数据管理与共享服务网中的中医药科学数据中心，以及中国中医药信息研究会、中国卫生经济学会中医药分会和北京中医药学会计算机专业委员会的挂靠单位。
中医药信息研究所下设科学数据研究室、情报研究室、文献资源研究室、古籍资源研究室、多媒体资源研究室、信息技术研究室及编辑出版中心，主要从事中医药文献资源、中医药信息标准、中医药信息数字化和中医药情报研究，致力于建设成为中医药信息资源保障中心、中医药决策支持平台、中医药信息人才培养基地和中医药信息国际合作中心，以及保存传统优秀文化、促进中医药学术和事业发展的资源中心，努力为中医药医疗、科研、教育、产业及管理的发展提供全时段、全方位的信息服务。