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水运科学研究院是中华人民共和国交通运输部直属的一级科研事业单位，也是集水运高新技术研究、行业发展咨询、工程设计承包、新技术产品开发和技术管理培训为一体的综合性研发机构，旨在为行业发展的重大决策和重大建设提供强有力的智力支撑和技术支撑，依托有利于可持续发展的运行机制和一支可支撑行业发展的人才队伍，以及支持产品研发、成果转化的科研试验条件，基本确立了行业科技主力军的地位。
水运科学研究院以为政府决策提供智力支撑、为行业重大工程提供技术支撑为己任，以促进安全畅通、便捷高效、绿色低碳、经济可靠的现代化水路交通运输体系建设为战略方向，努力打造科技研发、成果转化和决策支持三大板块，不断创造新成果和提高核心竞争力，充分发挥行业科学发展的支撑与引领作用，努力成为国内权威、国际著名的水路交通运输综合性科研机构。