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财政科学研究所是隶属于中华人民共和国财政部的直属事业单位，也是社会声望卓著的专门培养财政、会计、国民经济管理、企业管理等方面高级人才的机构，担负着财经理论政策研究和财政决策可行性分析以及培养高级财会人才的任务。内设综合财政、财务会计、基础理论、区域财政、财政史、外国财政、税收政策、国有经济、金融研究室及科研组织处、珠心算、财经信息中心等10多个研究处室，有编辑部和图书资料馆两个专业机构，办公室、党办人事处、财务处三个行政后勤单位。中国财政学会秘书处、中国珠算协会秘书处也设在所内。
财政科学研究所主要紧密结合我国各个时期经济发展和体制改革的实际情况，围绕国家财政中心工作，从事财经理论和政策研究，探讨客观经济规律，为国家决策提供咨询意见，为制定正确的财政方针政策和提高财政工作管理水平服务。同时，还编有《研究报告》、《财政研究简报》、《财经动态资料》、《科研内报》、《财经动态》等一些内部资料，不定期地向国务院、财政部和有关部门反映情况，供领导决策参考。