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江苏省海洋水产研究所是由省海洋与渔业局和省科技厅双重领导的全省唯一专业从事海洋与渔业公益性研究的省属科研机构，主要研究业务领域包括海洋环境与渔业资源监测监控及重点海域生态环境修复研究；海洋渔业等种质资源保护与开发利用；海洋生物技术应用基础性研究；海水养殖等共性技术研究与推广；水产重大疫病与控制技术研究；海洋与渔业技术咨询服务；海产品质量检测；职业技能与技术工人等级培训、考核和鉴定。
江苏省海洋水产研究所下设办公室、科研管理办公室、财务科、产业化管理办公室等4个管理部门和海洋渔业资源研究室、海洋生态与环境研究室、养殖技术研究室、海洋生物技术研究室、国家级紫菜种质库、江苏省文蛤良种场、海洋滩涂生物研究室（海洋与渔业防灾减灾研究中心）7个业务研究室；设有江苏省海水增养殖技术及种苗中心，东海区渔业资源动态监测网江苏监测站、东海区渔业生态环境动态监测网江苏监测站、农业部渔业行业职业技能江苏鉴定站，以及2个专项技术推广服务点；拥有固定资产4000多万元和相当规模的先进仪器与设备，具有国内同行业领先的研究和开发能力。