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医药卫生科技研究中心是隶属于中华人民共和国国家卫生和计划生育委员会的专业研究机构，内设办公室、规划与监督处、项目管理一处、项目管理二处、评估与成果转化处、财务处等机构，还设置有远程医学教育办公室、卫生部教材办公室等办事机构。
医药卫生科技研究中心主要组织开展医药卫生科技发展的战略规划、政策法规和技术标准等研究；承担相关领域国家科技计划的具体项目管理；建立和完善医药卫生领域科研项目的绩效评价、科研管理、知识产权管理、科研诚信管理、生物资源和生物安全监管、临床研究注册等配套支撑体系；推进医药卫生领域科技计划的成果转化与推广网络建设，协助主管部门开展卫生技术评估和适宜卫生技术推广工作；指导卫生计生领域相关机构的科技创新活动，推动科技创新、产业发展相关政策的落实，开展医药卫生科技领域的国际交流与合作。