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中国医学科学院是我国唯一的国家级医学科学学术中心和综合性医学科学研究机构，与我国最早设有八年制临床医学专业和护理本科教育的重点医学院校——北京协和医学院实行院校合一的管理体制，医科院为协和医学院提供雄厚的师资和技术力量，协和医学院为医科院培养高层次的人才，相互依托，优势互补，教研相长。
中国医学科学院与协和医学院院校设有18个研究所、7所临床医院、6所学院、1个研究生院。现有中国科学院和中国工程院两院院士28人，“千人计划”人选14人，教育部“长江学者奖励计划”特聘教授15人，长江学者讲座教授3人，杰出青年基金获得者35人，国家级和部委级有突出贡献的中青年专家107人，国务院学位委员会委员1人、学科评议组成员9人，在岗博士生导师654人，硕士生导师845人。
现有各类在校生4726人，其中研究生3862人占82%，普通本科生与成人本科生628人占13%，普通专科生236人占5%，呈典型的“倒金字塔”结构。多年来为国家培养了大批优秀的临床医学家、医学科学家、医学教育家、护理学家和医政管理学家，在国内外享有很高的声誉。