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重庆市农业科学院是在原重庆市农业科学研究所、市果树研究所、市作物研究所、市茶叶研究所、市农业机械研究所的基础上，由重庆市人民政府批准成立的公益型农业科研事业单位，以“西部一流，全国先进”为建院目标，建设以院本部为核心，永川粮食作物试验示范基地、永川茶叶试验示范基地、江津果树试验示范基地、黔江武陵山区农业综合实验站等四大基地的创新平台；坚持“科研立院、人才兴院、服务强院”战略，以机制创新为引擎，全面加强“基础条件、学科体系、人才队伍、和谐农科院”四大建设，提升科技创新能力和科技服务能力，努力建成集农业科研、示范、展览、培训、加工、物流为一体的农科院，展示重庆现代农业的示范园区和山地农业科技创新中心。
重庆市农业科学院下设8个职能处室、15个研究所（中心）。依托建有农业部农产品质量监督检验测试中心（重庆）、重庆市农业重点实验室、重庆市玉米工程技术研究中心、重庆市茶叶工程技术研究中心，控股重庆种业（集团）有限责任公司、重庆金穗种业有限责任公司、重庆云岭茶业科技有限责任公司。