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上海市农科院是市属的综合性农业科研机构，也是一个学科较齐全、设备先进、学术水平较高、成果转化能力较强、为上海和全国农业发展提供强有力支撑的地方综合性农业科研机构，现下设作物育种栽培研究所、林木果树研究所、设施园艺研究所、食用菌研究所、畜牧兽医研究所、生态环境保护研究所、农业科技信息研究所、生物技术研究所、农产品质量标准与检测技术研究所、上海市农业生物基因中心等10个研究机构，1个综合服务中心和1个综合试验站。
上海市农科院现设作物育种栽培、环境科学、植物保护、园艺、蔬菜、食用菌、畜牧兽医、农业科技信息、动植物引种、生物技术、测试和饲料监测等12个研究所（中心、站），院内还设有农业部食用菌遗传育种及上海市遗传育种等重点实验室，拥有国内外先进精密分析仪器设备70余套，拥有17个国家级和部级科技创新平台和成果转化平台，8个市级科技平台。