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医院管理研究所是国家卫生和计划生育委员会的直属科研机构，主要任务是开展医院管理科学研究，培养医院管理人才，采集医疗管理相关数据、信息为政府有关部门制定政策、法规、标准、规范提供必要的科学依据，在全国医院管理方面发挥着指导和咨询服务中心的作用。
医院管理研究所下设综合部、医疗质量管理研究部、医疗服务评价研究部、医疗安全与风险管理中心、医院战略与发展研究部、护理中心、信息中心、信息标准化研究部、药事管理研究部、临床医学工程研究部、学术培训部等部门。同时承担了国家卫生计生委医疗服务标准委员会、国家卫生计生医疗机构管理标准委员会、国家卫生计生医院感染控制标准委员会三个委员会的秘书处工作。