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重庆市教科院是直属于重庆市教育委员会的教育科学研究机构，担负着为政府及教育行政部门教育决策服务和基层教育机构教育教学实践服务的任务。具体承担着全市各级各类教育研究；教育科研规划与课题管理；基础教育和中职教育学科教学研究、指导与服务；学科教学评价与质量监控；教师业务培训；地方课程和学校课程设置研究；地方教材和课程资源建设；教研科研信息交流等职能职责。
重庆市教科院现内设办公室、党委工作部、科研处、财务处、教育发展研究所（教育政策与评价研究中心）、初等教育研究所、普通中等教育研究所、职业教育与成人教育研究所、高等教育研究所、信息技术教育中心、教育传媒发展中心、教育咨询服务公司、培训中心13个机构。重庆市教育科学规划领导小组办公室，重庆市教育学会、重庆市职教学会、重庆市高教学会秘书处挂靠教科院，分别负责相应的日常工作。