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南京水科院是国家级社会公益类非营利性科研机构，其前身为始建于1935年的中央水工试验所，是我国最早成立的水利科学研究机构，2009年更名为“水利部交通运输部国家能源局南京水利科学研究院。主要从事基础理论、应用基础研究和高新技术开发，承担水利、交通、能源中具有方向性、关键性和综合性的科学研究任务，兼作水利部大坝安全管理中心、水利部应对气候变化研究中心、水利部基本建设工程质量检测中心、水利部南京计量检定中心。
南京水科院位于江苏省南京市广州路223号，占地面积600余亩，已建成南京铁心桥水科学水工程试验研究基地和安徽滁州流域水文生态环境实验基地，拥有40多座试验大厅，试验室面积达12万平方米，各类仪器设备6000多台(件)，藏有中、外文图书、资料和期刊32万卷册。
水科院目前拥有水利工程、水电、港口河海工程、水文地质、岩土工程咨询甲级资质；水文、水资源调查评价甲级资质；规划环境评价资质；水运行业、工程勘察、水利行业、建筑行业等勘察设计资质；水利工程、水运工程、公路工程甲级监理资质；以及地基与基础工程、防腐保温工程专业承包资质。现设有水利工程一级学科博士点，以及岩土工程学科博士点和环境工程等12个学科硕士点，并设有水利工程博士后流动站。