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黑龙江省科学院是省政府直接领导的厅级科技事业单位、省自然科学与技术科学综合性研究中心，其职责是管理自然科学和技术科学的研究院所、中心，组织协调有关单位开展科学技术活动，参与省科技发展规划的制定，授权委托联系中国科学院、中国工程院合作事宜，开展国际学术交流与科技合作，主要从事应用基础、战略高技术和重点公益的研究。
黑龙江省科学院由高技术研究院、石油化学研究院、大庆分院、微生物研究所、技术物理研究所、自动化研究所、自然与生态研究所、火山与矿泉研究所、能源环境研究院、省对俄工业技术合作中心、院生物肥料研究中心、院科技孵化中心和院科技企业组成，代管中科院东北地理与农业生态研究所（哈尔滨所区），为省化学、生物工程、微生物、自动化等6个学会的主办单位，出版发行《化学与粘合》、《自动化技术与应用》、《国土与自然资源研究》、《生物技术》和《黑龙江科学》等科技期刊。