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城市环境研究所是直属于中国科学院的目前国际唯一的专门从事城市环境综合研究的国立研究机构，也是国家技术部“国际科技合作基地”、“国家级对台科技合作与交流基地”，拥有“中科院城市环境与健康重点实验室”、“厦门水环境安全与水质保障工程技术研究中心”、“中科院厦门生物产业技术研究开发公共服务平台”、国际科联“城市健康计划国际项目办公室”；拥有“环境科学与工程”、“生态学”专业一级学科博士、硕士学位授予点，以及“环境科学与工程”博士后科研流动站。
城市环境研究所坚持知识创新、技术创新与区域创新相结合，面向国际城市环境科学技术的发展前沿，面向国家城市化进程中可持续发展的重大战略需求，在城市生态环境与健康、城市环境污染控制技术、城市环境工程与循环经济、城市生态环境规划与环境管理等领域，开展理论研究、技术研发、系统集成和工程示范，努力发展成为国际知名的城市环境研究机构。