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中国生物工程学会是由从事生物工程活动的中国科技工作者和相关单位自愿组成并依法登记成立的全国性、学术性、非营利性社会组织，也是中国科学技术协会的组成部分，设有农业生物技术、医药生物技术、工业与环境生物技术、海洋生物技术和糖生物工程5个专业委员会以及国际合作、生物产业促进、科学普及和继续教育4个工作委员会。同时，中国生物工程学会的挂靠单位由中国科学院文献情报中心《中国生物工程杂志》编辑部变更为中国科学院微生物研究所。
中国生物工程学会旨在遵守宪法、法律、法规和国家政策，遵守社会道德风尚，崇尚科学，以人为本，尊重知识，尊重人才，尊重劳动，尊重创造，团结全国从事生物工程研究开发、生产经营、科研管理、教学普及和情报出版等各方面的科技人员，致力于推进生物工程学术交流与产业发展，加速研究成果向生产转移，促进我国的经济和社会发展，为我国社会主义物质文明和精神文明建设服务。