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南海海洋研究所位于广东省广州市新港西路164号，是直属于中国科学院的目前中国规模最大的综合性海洋研究机构之一，也是全国海洋科研机构首家获得ISO9002质量体系认证的科研单位，拥有海洋科学一级博士后流动站和海洋科学一级博士学位授予点。重点研究热带边缘海海洋水圈－地圈－生物圈圈层结构及其相互作用特征与演变规律，探讨其对资源形成和环境变化的控制和影响，发展具有南海特色的热带海洋资源与环境过程理论体系和应用技术。
南海海洋研究所设有热带海洋环境国家重点实验室、中国科学院边缘海地质重点实验室、中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室、中国科学院海洋微生物研究中心、广东省海洋药物重点实验室、广东省应用海洋生物学重点实验室、海南省热带海洋生物技术重点实验室等；拥有大亚湾海洋生物综合实验站、海南热带海洋生物实验站、湛江海洋经济动物实验站、汕头海洋植物实验站、西沙深海海洋环境观测研究站、南沙深海海洋环境观测研究站和中国-斯里兰卡联合科教中心；有“实验1”号、“实验2”号和“实验3”号三艘大型海洋科学考察船；还拥有仪器设备公共服务中心、海洋环境检测中心、南海海洋生物标本馆和海洋信息服务中心。