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中国原子能科学研究院是隶属于中国核工业集团公司的我国核科学技术的发祥地和国防核科研、核能开发研究和核基础科研的创新基地下设核物理研究所、反应堆工程研究设计所、放射化学研究所、快堆研究设计所、同位素研究所、核技术应用研究所、辐射安全研究所；科技信息部、放射性计量测试部；中国核数据中心、核数据国家级重点实验室、国家同位素工程技术研究（实验）中心、国家能源快堆工程研发（实验）中心、北京串列加速器核物理国家实验室、核保障技术重点实验室、国防科技工业电离辐射一级计量站；中国先进研究堆工程部、串列加速器升级工程部、核燃料后处理放化实验设施工程部、放射性“三废”设施治理工程部、特种材料专项工程部、基地建设工程部、退役治理工程部。
中国原子能科学研究院作为我国先导性、基础性、前瞻性的综合性核科研基地，以及重要科学思想库、技术储备库和人才培养库，形成了核物理、核化学与放射化学、反应堆工程技术、加速器技术、核电子与探测技术、同位素技术、辐射防护技术和放射性计量等八大学科，开发出了以同位素辐射技术为主导的一批高新技术和产品；编辑出版《原子能科学技术》、《核化学与放射化学》、《同位素》、《质谱学报》、《应用泛函分析学报》等期刊。