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新疆生态与地理研究所是由中国科学院新疆生物土壤沙漠研究所和中国科学院新疆地理研究所合并而成的隶属于中科院的目前国内领先的生态与地理领域专业研究机构，也是国务院学位委员会批准的博士、硕士学位授予权单位之一。研究所立足新疆，面向中亚，放眼世界干旱区，在中亚干旱区千万平方公里生态监测与生态系统管理、新疆新增百亿方水资源的关键技术及应用、中亚成矿域地质成矿机理与斑岩矿探测、三个研究领域实现重大突破。
新疆生态与地理研究所建有荒漠与绿洲国家重点实验室，中科院干旱区生物地理与生物资源重点实验室；国家荒漠-绿洲生态建设工程技术研究中心，中科院与自治区政府共建的中科院新疆矿产资源研究中心；与美国加州大学河滨分校、美国内华达大学共建了国际干旱区生态研究中心，日本静岗大学共建了中日干旱区生态研究中心，与德国国防大学、澳大利亚科工组织、中亚五国以及毛利坦尼亚、卢旺达共建了干旱区水与生态研究中心等7个国际研究基地，建有中国科学院中亚生态环境研究中心哈萨克斯坦分中心和吉尔吉斯斯坦分中心。
新疆生地所现有新疆阜康荒漠生态系统国家野外科学观测研究站、新疆阿克苏农田生态系统国家野外科学观测研究站、新疆策勒荒漠草地生态系统国家野外科学观测研究站、中国科学院吐鲁番沙漠（植物园）研究站、中国科学院塔克拉玛干沙漠特殊环境研究站、巴音布鲁克草原生态站、莫索湾沙漠研究站、木垒野生动物生态监测实验站、伊犁河流域生态系统研究站9个野外台站。另有文献信息中心、标本馆等科研支撑平台。