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南海航海保障中心是中华人民共和国交通运输部直属事业单位，也是辖区水上交通安全的重要支持保障部门，纳入部海事局管理范围，委托广东海事局进行管理。内设办公室、计划财务处、人事教育处、航标导航处（值班室）、海事测绘处、通信信息处、党组工作部（纪检监察处、工会）7个机构，在广东、广西、海南三省（区）设置汕头、广州、湛江、北海、海口、西沙、南沙7个航标处，汕头、深圳、广州、湛江、南宁、海口6个通信中心和1个广州海事测绘中心。
南海航海保障中心主要承担辖区范围内海事航标建设养护、港口航道测量绘图、水上安全通信等技术支持和服务保障职责。辖区范围为：东界线自广东、福建两省分界线沿东经117°14′经度线向正南延伸至北纬23°30′，再沿北纬23°30′向正东延伸；南界线至中国南海曾母暗沙；西界线至中越边境线；北界线至广州流溪河白坭河大桥。