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水利部小浪底管理中心是于2011年9月，经中央机构编制委员会办公室同意，水利部批准成立的水利部直属正局级事业单位，其前身为成立于1991年9月的水利部小浪底水利枢纽建设管理局。目前主要负责小浪底水利枢纽和西霞院水利枢纽的运行管理、维修养护和安全保卫工作；负责执行黄河防汛抗旱总指挥部和黄河水利委员会对小浪底水利枢纽和西霞院水利枢纽下达的防洪（凌）、调水调沙、供水、灌溉、应急调度等指令，并接受其对调度指令执行情况的监督；负责小浪底水利枢纽管理区和西霞院水利枢纽管理区及其库区管理，按规定开展水政监察工作；负责小浪底水利枢纽和西霞院水利枢纽的资产管理等。
水利部小浪底管理中心内设办公室、党群工作处、规划计划处、资产财务处、人事处、水量调度处（防汛办）、安全监督处、建设与管理处8个处室，以及库区管理中心（水政监察支队）1个直属事业单位。并对所属黄河水利水电开发总公司和黄河小浪底水资源投资有限公司依法履行出资人职责。