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长江口航道管理局的前身是由国家交通运输部、上海市人民政府和江苏省人民政府共同组建的长江口航道建设有限公司，现为交通部所属的长江口航道管理主管部门，主要负责长江干线浏河口至长江入海口长约122公里的航道规划、管理、建设、维护和科研工作。
长江口航道管理局长江口航道管理局机关设8个职能处室和一个内设机构（长江口航道养护中心），下属1个二级单位——上海河口海岸科学研究中心，具有总面积超过40000平米的长江口物理模型厅3座及配套控制、测试系统，建有目前世界上最大的河口河工物理模型，其河口实验室1999年被交通部评定为首批部重点实验室。