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国家防总办公室是国家防汛抗旱总指挥部在国家水利部单设的办事机构，主要按照《中华人民共和国防洪法》、《中华人民共和国防汛条例》、《中华人民共和国抗旱条例》和国务院“三定方案”的规定，在国务院领导下，负责领导组织全国的防汛抗旱工作。
国家防总办公室作为国家防汛抗旱总指挥部的办事机构，内设综合处、防汛一处、防汛二处、防汛三处、防汛四处、抗旱一处、抗旱二处、减灾处、技术信息处等处室，主要负责国家防汛抗旱总指挥部的日常工作。