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人行呼和浩特中心支行是按照国务院有关机构改革的要求，在中国人民银行内蒙古自治区分行和中国人民银行呼和浩特市分行的基础上组建成立的内蒙古自治区最权威的金融管理机构，下辖土默特左旗支行、托克托县支行、和林格尔县支行、清水河县支行、武川县支行，共5个旗县支行，业务管辖基本覆盖全自治区。
人行呼和浩特中心支行内设办公室、法律事务处、货币信贷管理处、跨境人民币业务办公室、金融稳定处、调查统计处、会计财务处、支付结算处、反洗钱处、科技处、货币金银处、国库处、内审处、人事处、金融研究处、征信管理处、外汇综合处、经常项目管理处、资本项目管理处、事后监督中心、保卫处、离退休干部处、后勤服务中心等职能处室。直属单位包括营业部、清算中心、钞票处理中心、干部培训中心。党群工作机构有党委办公室（与行政办公室合署办公）、组织部（与人事处合署办公）、纪检监察办公室、工会办公室、宣传群工部。