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民航新疆管理局位于新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市迎宾路33号，是中国民用航空局在我国东北地区设立的的直属机构和派出机构，主要负责辖区内民用航空管理工作，承担辖区内民航应急工作和重大事项的组织协调，设置18个职能机构、3个党群工作机构和1个离退休干部工作机构。
民航新疆管理局具体设置有办公室（外事办公室、港澳台事务办公室、应急管理办公室）、航空安全办公室、政策法规处、计划统计处（节能减排办公室）、财务处、人事科教处、运输管理处（国防动员办公室）、通用航空处、飞行标准处、外国航空公司运行监管处、航空卫生处、航务管理处、适航处、机场管理处、空中交通管制处、通信导航监视处、航空气象处、公安局、党委办公室（机关党委、团委办公室）、工会办公室、纪检监察处、离退休干部处。