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中国民间中医研究协会是经国家中医药管理局批准，国家民政部核准注册的全国性、行业性、非营利性的法人社会团体，也是民间中医药工作者之“家“，以及政府联系广大基层、民间、民营中医药工作者的桥梁和纽带，主要发挥其行业指导、服务、自律、维权、协调、监督的作用，团结和组织中医药工作者，特别是民间、民营中医药人员和民营中医药机构，保持和发扬中医药特色和优势，发掘、整理、验证、创新、推广民间中医药，丰富与发展中医药学，促进我国与各国医药界的学术交流，为建设有中医药特色的中国医疗卫生保障体系和人类的健康事业做出贡献。
中国民间中医研究协会的领导机构是理事会，负责日常领导工作的是常务理事会，办事机构是秘书处，由秘书长主持日常工作。协会设有学术部、培训部、咨询开发部、国际部、会员部、期刊部、标准建设部、继续教育部、网络部、合作部等职能部门；现设有分支机构（专业委员会）43个；会员3万余人，团体会员单位96个；设有“不孕症治疗中心”等科研医疗实体；主办有全国性杂志《中国民间疗法》。