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云南省医学会是由全省医学科学工作者和医学管理工作者自愿结成的依法登记成立的学术性、公益性、非营利性的地方法人社团，也是党和政府联系医学科学技术工作者和医学管理工作者的桥梁和纽带，旨在团结全省广大医学科技工作者和医学管理工作者，遵守国家宪法、法律和法规，充分发扬学术民主，提高医学科技工作者的业务水平，促进医学科学的繁荣、发展、普及和推广，促进医学科技人才和医学管理人才的成长和素质的提高，为全省各族人民的健康和社会主义经济建设服务。
云南省医学会现有65个专科分会、139个团体会员单位、2万1千余名会员，荟萃了全省医学界的著名学者和各医疗卫生单位的技术骨干、学科带头人。学会机关是学会日常办事机构，下设业务、行政部室和实体机构，负责完成理事会、常务理事会、中华医学会总会、省卫生厅和省科协办交办的各项具体任务。