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上海疾病预防控制中心是在原上海市防疫站的基础上成立的集疾病预防控制与应急、监测检验与评价、应用科研与指导、技术管理与服务、综合防治与健康促进为一体的实施市政府卫生防病职能的公共卫生核心专业机构，也是全国第一个省级疾病预防控制中心，旨在全面体现政府公共卫生职能，适应疾病谱和医学模式改变，扩大疾病预防控制功能，增强城市公共卫生应急能力，优化卫生防病资源，提高公共卫生科技水平。
上海疾病预防控制中心设置传染病防治部、慢性病防治部、环境职业卫生部以及下属的多个专业科室，以预防控制健康危险因素、疾病、伤害和失能，提高全市人民健康水平和生命质量，促进经济社会可持续发展为己任，主要实施疾病预防控制，追踪健康相关因素，应对突发公共卫生事件，开展预防医学应用研究，推进国际合作与交流。