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中国民族医药学会是经民政部批准，由各民族医药工作者、管理工作者以及相关单位专家自愿结成的全国性、非营利性社会团体，也是党和政府联系广大民族医药工作者的桥梁和纽带。业务主管单位为国家中医药管理局。
中国民族医药学会以中华民族“多元一体”医药文化大发展、大繁荣为己任，全面落实党的民族医药政策和卫生、中医药工作方针，严格执行国家有关法律法规和各项规章制度，坚持“学术立会、会员为本、服务为基础、制度为保障”的办会理念。
学会的执行机构为理事会。秘书处是学会常设办事机构，主要执行学会的各项决议，下设综合办公室（财务室、民族医药综合业务办）、学术部、事业发展部。