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北京医学会是经北京市社会团体登记管理机关登记注册，由北京地区医学科学技术工作者自愿联合发起成立的全市性、行业性、学术性、非营利性社会团体，也是由北京市卫生局主管的具有法人资格的自律性组织，承担着北京地区医学交流、科技开发、科普教育、继续医学教育、医学咨询、会诊服务、成果鉴定、新药械推广与应用、医疗事故鉴定、编辑专业刊物等多项工作任务，以及北京市医学继续教育委员会批准的北京地区继续教育任务。
北京医学会现有150个团体会员单位，下设组织工作、学术工作、医学继续教育工作、科普工作、科技开发咨询工作、预防接种异常反应鉴定工作六个专业委员会。同时，还包括有内科、外科、呼吸、消化等90多个专科分会。学会机关职能科室设有：办公室、财务科、总务科、医疗事故鉴定办公室等。学会主办和承办出版有《中华医院管理杂志》、《中华泌尿外科杂志》、《北京医学》三种医学杂志。