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北京医学教育协会是一个以促进首都医学教育事业进步与发展为宗旨的非政府组织，现有165个会员单位。协会设有毕业后医学教育部、继续医学教育部、基层卫生人员培训部、学术部、财务部和办公室等6个业务部门，并设医学教育培训中心和医疗纠纷协调中心。
北京医学教育协会旨在团结首都医学专家、医学教育工作者和热心医学教育的人士，贯彻国家教育和卫生工作方针，促进医学教育改革与发展，提高卫生专业人员职业素质，促进卫生事业的进步与发展，为改善人民健康做贡献。