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中国医药企业管理协会是经中华人民共和国民政部登记注册，由全国医药行业企业事业单位和医药经营管理工作者、专家学者自愿组成的具有社团法人地位的行业性、非营利性社会团体，以面向医药企业、为医药企业和医药企业家（经营管理者）服务为宗旨，遵守国家法律、法规，维护医药企业和企业家的合法权益，促进其守法、自律，发挥桥梁纽带作用，协调企业与政府、企业与企业、企业与社会、经营者与劳动者的关系。
中国医药企业管理协会的基本任务是：从医药经济发展的角度调查研究、发布交流、推广应用现代企业管理理论及实践经验；沟通企业与政府间的联系；引导企业家(经营管理者)增强法制意识，维护企业自身合法权益；向会员单位提供咨询、培训和信息服务；出版发行医药企业管理书籍、内部刊物及资料；表彰医药优秀企业和优秀企业家；开展医药企业的招商引资中介服务和产品宣传、展览推荐活动；组织交流国内外医药企业先进经验和管理创新成果；组织会员同有关的国际组织及国内外社会团体开展友好交往与合作。